El origen del Doctorado en Ciencias de la Educación que se oferta a través de las universidades que conforman RUDECOLOMBIA se da en el espacio de una comunidad de investigadores, nacionales e internacionales, que se organizaron en torno a un proyecto académico, con énfasis en la investigación, para responder a las necesidades del país, unidos en el marco del paradigma de las ciencias de la educación. El grupo estaba conformado interdisciplinariamente, por profesionales de diferentes campos de formación doctoral (Historia, Educación, Filosofía, Sociología, Economía, entre otros). Esta organización plural de saberes, en torno a la educación, desde los inicios, le ha dado el carácter interdisciplinario a este proyecto de formación doctoral. El colectivo de académicos reconoció en el dialogo de saberes una oportunidad de comprender y abordar problemáticas asociadas a la educación desde diferentes perspectivas.
Estos intereses comunes en torno al campo de las ciencias de la educación fueron los que posibilitaron que nueve universidades públicas, que en su génesis lideró la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia, con el apoyo de Colciencias, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas de España y la Sociedad de Historia de la Educación Latinoamericana, dieran origen al programa de Doctorado a partir de 1998.
El funcionamiento general del Doctorado y su organización administrativa y académica en red, se ha legitimado a través de convenios aprobados por el Consejo de Rectores de RUDECOLOMBIA: 4 de junio de 1996; 17 de diciembre de 1996; 4 de julio de 1997; 28 de octubre de 1998; 3 de marzo de 2000; 16 de octubre de 2002; 17 de noviembre de 2008; 21 de noviembre de 2009 y 1° de abril de 2016, este último, para la creación del Fondo Común del programa.
El Doctorado se ofertó por primera vez en la UPTC en el año 1998 y, posteriormente, en las demás universidades miembros.
El programa cuenta con un sustento legal que soporta su funcionamiento: recibió aprobación por parte del Ministerio de Educación Nacional (MEN), por medio de la Resolución 2333 del 3 de julio de 1998, con código ICFES 73103; el 12 de junio de 2000 obtuvo la Acreditación Previa, a través de la Resolución 1591 del MEN; en el 2003 logró el Registro Calificado, por medio del Decreto 3678 del 19 de diciembre para las universidades que conforman la Red y el 28 de febrero de 2011 se obtuvo la Renovación del Registro Calificado por 7 años mediante Resolución 1566 del MEN, el cual fue renovado nuevamente a través de la Resolución No. 6107 del 09 de abril de 2018, por igual término (7 años).