El origen del Doctorado en Ciencias de la Educación que se oferta a través de las universidades que conforman RUDECOLOMBIA, actualmente identificado con el código SNIES 7170, se da en el espacio de una comunidad de investigadores, nacionales e internacionales, que se organizaron en torno a un proyecto académico, con énfasis en la investigación, para responder a las necesidades del país, en el marco del paradigma de las ciencias de la educación. El grupo se constituyó interdisciplinariamente por profesionales de diferentes campos de formación doctoral (Historia, Educación, Filosofía, Sociología, Economía, Lenguajes, entre otros). Esta organización plural de saberes, en torno a la educación, desde los inicios, le ha dado el carácter interdisciplinario a este proyecto académico y social. El colectivo de académicos reconoció en el diálogo de saberes una oportunidad de abordar problemáticas asociadas a la educación desde diferentes perspectivas, lo que amplía su comprensión y el impacto en la sociedad.
Estos intereses comunes en torno al campo de las ciencias de la educación posibilitaron que nueve universidades públicas, que en su génesis lideró la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia (UPTC), con el apoyo de Colciencias (Hoy Minciencias), el Consejo Superior de Investigaciones Científicas de España y la Sociedad de Historia de la Educación Latinoamericana, dieran origen al Programa de Doctorado, a partir de 1998.
La estructuración del Programa se dio a partir de 1995, en el marco de la convocatoria internacional de la Universidad Alcalá de Henares, para crear un Doctorado para Colombia, siendo esta la primera aproximación a la conformación de la Red. Luego, se da un primer avance hacia la constitución de la Red, a partir de un Acuerdo, en el año 1996, entre las universidades que en ese momento se unieron para concretar la iniciativa de conformar una asociación y diseñar el Programa, con el liderazgo de la UPTC y el apoyo de organismos nacionales e internacionales. El Doctorado se ofertó por primera vez en la UPTC en el año 1998 y, posteriormente, en las demás universidades miembros.
El funcionamiento general del Doctorado y su organización administrativa y académica en red, se ha legitimado a través de convenios aprobados por el Consejo de Rectores de RUDECOLOMBIA: 4 de junio de 1996; 17 de diciembre de 1996; 4 de julio de 1997; 28 de octubre de 1998; 3 de marzo de 2000; 16 de octubre de 2002; 17 de noviembre de 2008; 21 de noviembre de 2009 y 1° de abril de 2016; este último, para la creación del Fondo Común del Programa. En el año 2019, el Consejo de Rectores firmó el convenio específico para tramitar el reconocimiento de Alta Calidad ante el Consejo Nacional de Acreditación.